Antes de todo, DBDesigner es una aplicación para diseñar de forma gráfica las bases de datos en MySQL, es el equivalente de Oracle’s Designer©, IBM’s Rational Rose©, Computer Associates’s ERwin© y The Kompany’s DataArchitect©, la gran diferencia es que es para MySQL y segunda más importante, es software libre, licensiado bajo la GPL, está desarrollado en Kylix, por lo que funciona en Windows y Linux.
En Ubuntu no es tan fácil la instalacion, ya que requiere librerias que no vienen con la distribucion. A continuacion unos pasos como instale este programa y funcionó.

Preparando el Terreno:

Paquete: xlibx
Descarga: wget http://archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/x/xorg/xlibs_6.8.2-77_all.deb
Instalación: sudo dpkg -i xlibs_6.8.2-77_all.deb
Paquete: kylixlibs
Descarga: wget http://heanet.dl.sourceforge.net/sourceforge/kylixlibs/kylixlibs3-borqt_3.0-1_i386.deb
Instalación: sudo dpkg -i kylixlibs3-borqt_3.0-1_i386.deb
Paquete libxft1
$ sudo apt-get install libxft1
Creacion de enlaces simbólicos.
$ cd /usr/lib
$ sudo ln -s kylix3/libborqt-6.9-qt2.3.so
$ sudo ldconfig
$ sudo ln -s /usr/lib/kylix3/libborqt-6.9.0-qt2.3.so/lib/libborqt-6.9-qt2.3.so
Driver para Mysql
Descarga: wget http://crlab.com/dbx/dbxmda.tar.gz
Instalación:
$ tar -zxvf dbxmda.tar.gz
$ sudo mv Desktop/DbxMda/libsqlmda.so.3.00 /usr/lib
$ sudo ldconfig

Descarga: vamos a http://fabforce.net/ para descargar el programa.
Yo escogí el que está en formato rpm , ya que luego se puede convertir en un paquete debian:

Convertir: sudo alien DBDesigner4-0.5.4-0.i586.rpm.
Instalación: dpkg -i dbdesigner4_0.5.4-1_i386.deb.

Por ultimo creamos el archivo startdbd.desktop, para esta ocación utilizamos el editor nano.
creación: nano stardbd.desktop (en su terminal favorito)
escribimos:
[Desktop Entry]
Comment=fabFORCE DBDesigner 4
Exec=/opt/DBDesigner4/startdbd
Icon=/opt/DBDesigner4/Gfx/Icon48.xpm
Name=DBDesigner4
Type=Application

y luego: sudo cp startdbd.desktop /usr/share/applications
si no aparece en el menu, bueno solo queda agregar la aplicacion a mano o si no tiene problemas de ejecutarlo con alt+f2 y escriber startdbd todo ira bien.

y listo ya tenemos corriendo DBDesigner4 en ubuntu,

Nota: aun me sale un error cuando trato de conectame a la base de datos local, con un mensaje:
connection to database failed
Unable to Load libmysqlclient.so
Si alguién sabe como corregir este problema, comentelo para asi modificar este documento y este completo.